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蛋白质组/修饰组+代谢组
基于代谢反应由蛋白酶、基因等直接或间接调控的生物原理，利用KEGG代谢通路工具，以及根据不同层面分子间表达量的相关性，建立代谢物（通路）变化与基因/蛋白变化的联系，从而实现：系统描绘从基因/蛋白到代谢表达变化的调控过程；基于已知代谢通路，确认基因/蛋白对特定代谢过程的调控作用，并利用组学结果进行相互验证；依据表达相关性，挖掘基因/蛋白与代谢物直接新的调控关系。
蛋白质组/修饰组+代谢组
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