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福尔马林固定和石蜡包埋（formalin-fixed and paraffin-embedded, FFPE）是临床组织保存的主要形式。据估计，全球有超过10亿个组织样本被保存在医院和生物样本库中，而其中大多数都是以FFPE形式储存的。对于某些类型的肿瘤组织，FFPE样品通常是唯一来源，这些样本可以为研究人员提供有关某些最罕见的癌症和其他疾病的重要信息。近年来，随着脱蜡技术的成熟和质谱仪器的发展，FFPE样本的科研价值得到充分开发，结合蛋白质组学技术的高分文献发表数量急速上涨。
超高深度FFPE蛋白质组研究的主要步骤包括：FFPE切片脱蜡复水、蛋白质提取、肽段酶解、LC-MS/MS分析、数据库检索、数据分析和生信分析等。
拜谱生物的项目实测数据表明，大队列样本均稳定在8000以上的蛋白鉴定数量。
| 样本类型 | 石蜡切片FFPE样本 | |
| 预处理和保存 | 10μm厚，1cm2大小，4℃保存 | |
| 相对定量蛋白组学 |
常规送样量 |
风险送样量 |
| Label free |
5片 |
4片 |
| DIA | 5片 | 4片 |
| PRM | 5片 | 4片 |
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